A ESCE/IPS desenvolve as suas atividades através de unidades organizacionais várias, atuando nos domínios do ensino, investigação e prestação de serviços, de modo coordenado. Tendo em conta os objetivos que prosseguem e as funções que desempenham, as unidades organizacionais da ESCE/IPS classificam-se em em órgãos e serviços de apoio.